Cele środowiskowe (zapobieganie zanieczyszczeniom środowiska) spółka osiąga poprzez realizację wyznaczonych sobie zadań. Do głównych celów należy: zmniejszenia szkodliwych emisji do powietrza, wody i gleb oraz podniesienie świadomości ekologicznej pracowników.

Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Gospodarki z dnia 24 czerwca 2002 roku mówiącym o wykorzystaniu PCB w urządzeniach lub instalacjach, nie dłużej niż do dnia 30 czerwca 2010 roku, PKP Energetyka podjęła szereg działań, aby jak najszybciej wykonać zalecenie Ministerstwa.
Już w roku 2003 została opracowana i wdrożona w Instrukcja o postępowaniu z urządzeniami elektrycznymi zawierającymi polichlorowane bifenyle EBH-8. Podległe PKP Energetyka zakłady, dokonały inwentaryzacji i oznaczeń urządzeń (transformatory, kondensatory energetyczne i wyłączniki olejowe) mogących zawierać PCB. Wykazy zostały przesłane właściwym wojewodom.
W roku 2006 zawarto umowę z Instytutem Energetyki w Łodzi na przebadanie próbek oleju z transformatorów i wyłączników mocy. Przebadano 2052 próbek. Jedynie w 19 próbkach stwierdzono zawartość PCB powyżej dopuszczalnej ilości.
W roku 2008 r. dokonano wymiany 312 sztuk kondensatorów energetycznych w układach kompensacji mocy biernej, zawierających PCB. W wyniku tego wytworzono i przekazano do unieszkodliwienia 9,876 Mg niebezpiecznych odpadów zawierających PCB.

PKP Energetyka podejmuje również działania mające na calu jak najszybsze wycofanie azbestu i oczyszczenia instalacji oraz urządzeń, w których był wykorzystywany. Zgodnie z  z rozporządzeniem Ministra Gospodarki takie działania powinny być przeprowadzone do 2032 roku. W zakładach spółki PKP Energetyka przeprowadzono szczegółową inwentaryzację występującego na ich terenie azbestu. Azbest występował głównie w obiektach energetycznych (komory gaszeniowe w PT i KS) oraz obiektach zaplecza administracyjno technicznego (np. dachy). PKP Energetyka sukcesywnie wycofuje azbest z eksploatowanych urządzeń i obiektów.

Do roku 2007 dokonano całościowej wymiany komór gaszeniowych na komory bezazbestowe.
Do roku 2008 wycofano z użytkowania i przekazano do unieszkodliwienia 5,280 Mg wyrobów budowlanych zawierających azbest.

PKP Energetyka prowadzi od 2003 roku, coroczne szkolenia zamknięte z zakresu ochrony środowiska. W szkoleniach biorą udział pracownicy, naczelnicy działów zaplecza technicznego i kierownictwo. Oprócz tego organizowane są szkolenia podstawowe związane z zajmowanym stanowiskiem pracy. Celem szkoleń jest promowanie świadomości ekologicznej oraz wskazanie sposobów zachowania się w sytuacjach awaryjnych.

- modernizacje użytkowanych kotłowni,
- przechodzenie z kotłowni na paliwa stałe na kotłownie gazowe i olejowe o dużej sprawności oraz na ogrzewanie elektryczne,
- przedsięwzięcia termomodernizacyjne w budynkach administracyjnych i zaplecza technicznego,
- zakup pojazdów oraz maszyn spełniających normy emisyjne,
- stosowanie energooszczędnych źródeł światła.

PKP Energetyka przeprowadza corocznie przeglądy środowiskowe w Zakładach Spółki. Przeglądy mają na celu obiektywną ocenę przestrzegania wymagań prawnych w zakresie ochrony środowiska. Z przeprowadzonych przeglądów sporządzane są protokoły z zaleceniami i terminami ich wykonania.

PKP Energetyka prowadzi monitorowanie ilości wytwarzanych odpadów. Wyniki monitorowania sprawdzane są podczas corocznych audytów wewnętrznych przez audytorów środowiskowych.

PKP Energetyka sporządza Raport środowiskowy na temat stanu funkcjonowania systemu zarządzania środowiskowego w spółce zgodnie z procedurami systemowymi.

PKP Energetyka opracowała program komputerowy pozwalający w jednolitym systemie realizować całość obowiązków związanych z naliczaniem opłat za korzystanie ze środowiska. Generowane w ten sposób informacje i dane przekazywane są odpowiednim organom ochrony środowiska. Program dostosowany jest do aktualnych przepisów, posiada jednolitą i dobrze zorganizowanej bazę danych.